1. Pengurus Perkumpulan Ikatan Alumni TOKI terdiri dari:
   1. Rapat Akbar
   2. Pengurus Inti
   3. Dewan Penasihat yang terdiri dari Ketua dan Penasihat
2. Rapat Akbar adalah rapat yang diselenggarakan sekurang-kurangnya 1 kali dalam 1 tahun oleh Pengurus Inti dan merupakan kekuasaan tertinggi dalam Ikatan Alumni TOKI.
3. Pengurus Inti adalah badan eksekutif dari Asosiasi Alumni TOKI. Pengurus Inti dipilih melalui Rapat Akbar dan disetujui oleh lebih dari 50% peserta yang hadir.
4. Dewan Penasihat adalah badan yang memberikan pertimbangan dan melakukan pengawasan terhadap Pengurus Inti serta bertanggung jawab kepada Rapat Akbar.

Untuk operasional harian, Ikatan Alumni TOKI menunjuk seorang Koordinator Alumni yang akan bertanggung jawab atas operasional harian. Koordinator alumni dipilih dari salah satu anggota Ikatan Alumni TOKI.